BioMCP 生物医学检索与本地分析 CLI/MCP Skill 技能

技能简介

biomcp-cli（项目名 BioMCP）是一款面向生物医药领域的一体化检索与本地分析 CLI/MCP 工具，由 Genomoncology 维护并以 MIT 协议开源。它把 PubMed、PubTator3、Europe PMC、ClinVar、ClinicalTrials.gov、OncoKB、Reactome 等 70+ 权威生物医学数据源统一在同一套命令语法（one grammar）之下，让研究者和 AI Agent 用同一个入口即可完成跨数据库的检索、聚焦与跳转，不必在每套 API 间重写工作流。biomcp-cli 既是可独立运行的命令行二进制，也是可被 Claude Code / Claude Desktop / Codex 直接接入的 stdio MCP 服务器，工具集对两类宿主完全一致。

核心能力

• 统一命令语法：用一致的 search / get / list 等命令穿透 70+ 生物医学数据源，PMID、PMCID、DOI 等标识符自动去重
• 跨实体跳转：从基因、变异、药物、疾病、信号通路、蛋白、文章之间任意切换视图，无需重建筛选条件
• MCP 服务器模式：biomcp serve 启动 stdio MCP，让 Claude Code、Codex、Claude Desktop 直接调用全部工具
• 本地研究分析：内置 study 子命令覆盖 query / cohort / survival / compare / co-occurrence 等 cBioPortal 风格流程，原生输出 SVG/PNG 图表
• 可复现剧本：biomcp skill list 列出内置工作流示例，biomcp skill 直接套用开箱即用的范式
• 批量富集：biomcp enrich 调 gProfiler 做顶层富集分析，biomcp batch 单命令串联最多 10 个聚焦 get 调用

安装配置

# 推荐方式：uv tool 全局工具安装
uv tool install biomcp-cli
# 或 pip
pip install biomcp-cli

# 验证连通性
biomcp health --apis-only

安装脚本只会把 biomcp 二进制放到 ~/.local/bin 并提示加入 PATH，绝不修改用户的 shell 启动文件。可选安装方式还包括 Homebrew（brew tap genomoncology/biomcp && brew install biomcp）与 Docker（docker run --rm ghcr.io/genomoncology/biomcp）。Claude Code 插件路径：/plugin marketplace add genomoncology/biomcp + /plugin install biomcp@biomcp，由插件自动把 stdio MCP 服务器与本地 biomcp 接入 Claude。

使用步骤

1. 安装 biomcp-cli 后执行 biomcp health --apis-only，确认所有上游数据源可达。
2. 运行 biomcp skill list 浏览内置剧本，挑一个贴近研究问题的工作流起点。
3. 用 biomcp list gene / biomcp search all --gene BRAF --disease melanoma 在多源间做横向发现。
4. 选中靶点后用 biomcp get gene BRAF pathways hpa 拉取该基因在 Reactome、HPA 等子库中的细节。
5. 若要在本地做生存/共现分析，下载相应 cBioPortal 风格数据集，再用 biomcp study 子命令运行。
6. 在 Claude Code 中加载 BioMCP 插件后，可用自然语言驱动同一套检索，工具调用由 MCP 服务器自动完成。

适用场景

• 生物医学文献调研：一次查询同时检索 PubTator3 与 Europe PMC，去重后获得完整 PMID/PMCID 命中
• 变异与疾病关联分析：把 ClinVar、OncoKB、ClinicalTrials.gov 的变异/疾病/试验信息汇总到同一视图
• 靶点路径与蛋白查询：在 Reactome、HPA、UniProt 之间跨实体跳转，洞见通路与蛋白表达
• 本地 cBioPortal 风格分析：下载数据集后做队列、生存、对比与共现分析，原生输出 SVG/PNG
• AI Agent 检索后端：让 Claude Code / Codex / Claude Desktop 通过 MCP 直接调用 70+ 生物医学源

适用人群

面向生物信息学家、临床研究人员、医学 AI 应用开发者，以及任何希望让 LLM 助手直接对接权威生物医学数据库的团队；也适合为药物研发、罕见病、肿瘤精准医学课题搭建检索工作流的研究助理与工程师。

工作原理

BioMCP 把分散在不同 schema、不同 API、不同检索习惯下的生物医学源封装在一个命令语法与一套 MCP 工具之下：上层 CLI/MCP 收到一次 search all 或 get gene 调用后，下层 fan-out 模块把请求分发到对应源，按统一标识符（PMID/PMCID/DOI/Ensembl ID 等）去重，把结果按"证据紧凑视图"回吐给上层；本地 study 子流程则复用同一套 query grammar 在下载好的 cBioPortal 风格数据集上做分析，从而让研究者、临床医生与 AI Agent 共享同一套可复用工作流。

官方链接

• 项目主页：https://biomcp.org
• GitHub 仓库：https://github.com/genomoncology/biomcp
• PyPI 包：https://pypi.org/project/biomcp-cli/
• MCP 注册名：io.github.genomoncology/biomcp
• 安装脚本：https://biomcp.org/install.sh
• 介绍演讲（St. Jude 2025 BioHackathon）：https://www.youtube.com/watch?v=lXoe-4TENDE